Sua história começou em 1800, quando a família do tenente Antônio Martins Ferreira de Andrade, procedente de São Paulo, chegou à capital da capitania de Goiás (Cidade de Goiás) e requereu terras devolutas às margens do Rio dos Bois. O governador da capitania era Fernando Delgado Freire de Castilho, que atendeu ao requerimento de Antônio Martins, que tão logo se apossou das terras, deu ao lugar o nome de Sítio das Palmeiras, devido aos milhares de coqueiros existentes na região. Os Andrades doaram a São Sebastião, 800 alqueires de terras junto ao Córrego Azul, onde é hoje o distrito de Linda Vista, no município de Cezarina. Oriundo das minas de São Francisco de Assis, hoje, Anicuns, o padre Filipe chegou com a incumbência de escolher o local onde seria construída a capela. No local escolhido foi erguida uma cruz de madeira e uma missa foi celebrada na presença dos fazendeiros do lugar. A família Andrade vendeu as terras à família Martins, que manteve o compromisso de doar os 800 alqueires ao Santo, bem como o de construir a Igreja.
A mudança da sede da igreja aconteceu após entendimento entre o dono da terra e o padre José Maria, que escolheram o local onde morava o garimpeiro Jonas Alemão, desde 1794. Em 20 de maio de 1832 foi lavrada a escritura no “Livro de Ouro” de São Sebastião, ficando então transferido o patrimônio para o local onde é hoje Palmeiras de Goiás. Nessa mesma ocasião foi celebrada missa, realizou-se batizados e foi demarcado pelo padre Azevedo Coutinho, o lugar onde seria construída a igreja. Todos os habitantes da região ajudaram na construção da igreja, mas a obra só foi concluída em 1843. Dois sinos foram doados por dona Joana e trazidos de Uberaba. No dia 11 de julho de 1844, o povo de São Sebastião do alemão, acompanhado do padre José Maria, foram até a fazenda de dona Joana buscar os sinos. Ao chegarem da longa e cansativa viagem, realizaram batizados, inauguraram os sinos e fizeram festas. O responsável pela formação do povoado que agora se chamava São Sebastião do alemão, foi Filipe de Oliveira, em 1850.
Formação Administrativa
Freguesia criada com a denominação de São Sebastião do Alemão, pela Lei ou Resolução Provincial n.º 8, de 09-11-1857, no município de Goiás. Elevado à categoria de vila com a denominação de São Sebastião do Alemão, pela Lei Provincial n.º 814, de 19-12-1887, desmembrado de Goiás. Sede na povoação de São Sebastião do alemão. Instalado em 07-02-1892. Elevado à condição de cidade com a denominação de Alemão, pela Lei Estadual n.º 260, de 06-07-1905. Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município se denomina Alemão e aparece constituído de 2 distritos: Alemão e São José do Turvo. Pela Lei Estadual n.º 540, de 14-06-1917, o município de Alemão passou a denominar-se Palmeiras.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de I-IX-1920, o município já denominado Palmeira é constituído de 2 distritos: Palmeiras (ex-Alemão) e São José do Turvo. Elevado à categoria de município com a denominação de Paraúna. Pela Lei Estadual n.º 903, de 07-07-1930, é desmembrado do município de Palmeiras o distrito de São José do Turvo. Elevado à categoria de município com a denominação de Paraúna. Pelo Decreto Estadual n.º 412, de 23-12-1930, Palmeiras adquiriu o território do extinto município de Paraúna, como simples distrito.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído de 3 distritos: Palmeiras, Santo Antônio do Alegrete e Paraúna. Pelo Decreto n.º 5.108, de 10-11-1934, é desmembrado do município o município de Palmeiras, o distrito de Paraúna. Elevado novamente à categoria de município. Pelo Decreto n.º 113, de 04-01-1935 é criado o distrito de Água Limpa e anexado ao município de palmeiras. Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 3 distritos: Palmeiras, Água Limpa e Alegrete (ex-Santo Antônio do Alegrete). Não figurando o distrito de Santo Antônio do Turvo.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 8.305, de 31-12-1943, o município de Palmeiras passou a denominar-se Mataúna. E, ainda, sob o mesmo Decreto, o distrito de Água Limpa passou a denominar-se Jandaia e Alegrete a denominar-se Edéia. No quadro fixado para vigorar no período de 1944-948, o município é constituído de 3 distritos: Mataúna, Edéia (ex-Alegrete) e Jandaia (ex-Água Limpa). Pelo Artigo n. 65, do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias de 20-VII-1947 do Estado de Goiás, o município de Mataúna passou a denominar-se Palmeiras de Goiás.